Kemunduran dan Peninggalan Portugis

Keberadaan Portugis berkurang hanya di Solor, Flores dan Timor (lihat Timor Portugis) di Nusa Tenggara Timur sekarang, menyusul kekalahan pada tahun 1575 di tangan penduduk Ternate, penaklukan Belanda di Ambon, Maluku Utara, dan Banda, serta kegagalan umum untuk menopang kendali perdagangan di kawasan ini.[3] Dibandingkan dengan ambisi awalnya mendominasi perdagangan Asia, pengaruh mereka pada budaya Indonesia amat kecil: gitar balada keroncong; sejumlah kata dalam bahasa Indonesia yang diserap dari bahasa Portugis yang pernah menjadi lingua franca di samping Melayu; dan banyak nama keluarga di Indonesia Timur seperti Da Silva, Da Lopez, Da Cunha, Henriquez, Carvallo, Da Costa, Diaz, de Fretes, Gonsalves, dll. Dampak terpenting kedatangan bangsa Portugis adalah gangguan dan kekacauan jaringan perdagangan yang sebagian besar terjadi akibat penaklukan Malaka, dan penyebaran Kristen awal di Indonesia. Hingga kini, penduduk Kristen banyak ditemui di Indonesia Timur.[4] Di Dusun Baluk Kec. Bola, Kab. Sikka, St. Fransiskus Xaverius, misionaris Katholik yang mengikuti perjalanan orang Portugal, menancapkan sebuah Salib setinggi 3 meter diatas sebuah Batu Karang, yang oleh orang setempat diberi nama "Watu Krus" hal ini terjadi ± pada tahun 1630. Di Kampung Tugu, Koja, Jakarta Utara, terdapat permukiman keturunan Portugis. Mereka adalah keturunan dari bangsa Portugis yang dibawa ke Batavia (sekarang Jakarta) sebagai tawanan perang setelah VOC Belanda menaklukkan Malaka pada tahun 1641.[5] Adapun keturunan Bangsa Portugis yang beragama Islam dapat ditemukan di Lamno, Aceh.[6]